目前厦门大学马来西亚分校除了开设了本科课程，也开设了硕士课程，厦门大学马来西亚分校硕士专业涵盖了：传播与文化硕士、海洋生物科技理学硕士、新能源科学与工程硕士、中国研究文学硕士等，专业不同，研究方向也不同，在申请条件肯定是会有所差异，作为厦门大学的直属校区，厦门大学马来西亚分校所授学位得到中国和马来西亚两国教育部的认证，文凭含金量高！
厦门大学马来西亚分校硕士专业
厦门大学马来西亚分校于2013年9月获中华人民共和国教育部批准建设。这是第一所中国名校全资设立的、具有独立校园的海外分校，也是第一所在马来西亚设立的中国大学分校，被誉为“一带一路”上的璀璨明珠。根据马来西亚高等教育相关法律，厦门大学马来西亚分校在当地注册为私立大学。
厦门大学马来西亚分校位于马来西亚首都吉隆坡南郊雪兰莪州雪邦沙叻丁宜，占地约900亩，距离马来西亚吉隆坡国际机场约15公里，距离马来西亚国家行政中心布城约20公里，距离吉隆坡市中心（双子塔）约45公里。2016年2月，厦门大学马来西亚分校首批招生，目前在校学生6200余名。该校硕士专业如下：
传播与文化硕士、海洋生物科技理学硕士、新能源科学与工程硕士、中国研究文学硕士、数学和应用数学理学硕士、工商管理硕士
厦门大学马来西亚分校硕士优势
马来西亚文化多元，具有开放、包容精神。除厦门大学在马来西亚开设的分校，在马来西亚也有许多设校办学的国外知名高校。马方希望成为东南亚的教育中心，也希望有中国高校能够入驻马来西亚，马来西亚政府对厦门大学在该国办学十分支持。
马来西亚爱国华侨陈嘉庚先生于90多年前创办的厦门大学，与东南亚国家联系密切，与马来西亚更有一种天然的联系。厦门大学已经同马来西亚最高学府马来亚大学建成姐妹校。
马来西亚国内现有600多万名华侨华人，占马来西亚总人口的四分之一，其中近半数来自中国福建省。同时，马来西亚也是东盟各国华文教育开展最好的国家，完整保留了从小学到高中的华文教育体系。厦大在马办分校对提升华文教育有极大裨益，受到当地华人华侨的普遍欢迎。
朱崇实说，这里既有历史的渊源，也有现实的考量。厦门大学由马来西亚爱国侨领陈嘉庚先生于1921年创办，“马来亚这块美丽的土地哺育了陈嘉庚，成就了陈嘉庚。90多年之后，厦大回到嘉庚先生成长的马来西亚创办分校，这是一个历史的回馈，是对陈嘉庚、对马来亚的一种感恩”。
厦门大学具有很强竞争优势，一些实用性较强的学科，如经济、管理、法学、化学、海洋学、中医、中文等，已被证明受到外国学生欢迎，相信这些学科非常适合东南亚国家学生。
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